日本腦炎是一種經蚊子媒介傳染的病毒性疾病，據估計，每年至少有 35,000 個病例， 10,000 個病例因而死亡。 其病原是日本腦炎病毒，屬於黃色病毒（ Flavivirus ）， 1924 年首先在日本從死亡病例的腦組織分離出來。至目前，至少有 5 屬 26 種蚊子能傳染日本腦炎，其中最主要的是三斑家蚊（ Culex tritaeniorhynchus ），而環紋家蚊（ Culex annulus ）、尖音家蚊（ Culex pipiens ）、東鄉斑蚊（ Aedes togoi ）、白頭家蚊（ Culex fusocephalus ）、白吻家蚊（ Culex vishnui ）和環喙家蚊（ Culex annulirostris ）等均能媒介此病。

日本腦炎過去稱為「日本 B 型腦炎」（ Japanese B Encephalitis ） 或「日本夏季腦炎」（ Japanese Summer Encephalitis ），廣泛的分佈於日本、韓國、中國大陸、台灣、中南半島、菲律賓、印尼、印度、關島和蘇聯等亞洲地區國家，緬甸、孟加拉、印尼、馬來西亞、越南和斯里蘭卡等更屬於高度流行地區，這些地區的致死率很高，可達 20 ∼ 50 ％。本病流行於夏季，感染多為不顯性，顯性與不顯性之比約為 1 ： 300 ∼ 500 。除人類外，多種動物亦會受感染，如豬、牛、馬、蝙蝠、蜥蝪、青蛙、蛇和烏龜；豬更是與每年流行有關的增幅動物宿主（ amplifying host ）。

據文獻記載，日本學者 Sakai 首先在 1935 年報告台灣「夏季腦炎」病例，根據其臨床表徵，「夏季腦炎」很可能就是現在所謂的「日本腦炎」。 1938 年， Kobayashi 自台北「流行性腦炎」死亡病例分離出日本腦炎病毒，証實台灣有日本腦炎存在。由於日本腦炎每年夏天均會流行，而且致死率高，為有效防治此病，政府在 1955 年將其列為報告傳染病。 1958 年，葛雷斯頓（ Grayston ）、王三聘和顏春暉等人自台大醫院一名 8 歲死亡病例之腦組織再度分離出日本腦炎病毒。 1967 年全台灣地區共有 1,024 報告病例，每十萬人口發生率為 7.66 ，致死率為 20.1 ％，而確定病例的發生率為 10 萬分之 2.05。 1968 年對 2 歲幼童實施二劑全面預防接種以後，報告病例數和確定病例數均逐年下降， 1968 至 1975 年間確定病例數介於 44 ∼ 279 之間， 1976 至 1985 年則在 36 ∼ 67 之間； 1986 年開始，每年確定病例數則介於 6 ∼ 35 之間，除 1992 年的 11.1 ％外，致死率也都降到 10 ％以下。 1997 年只有 6 個確定病例，發生率是每 10 萬分之 0.03 ， 1998 和 1999 年的確定病例數分別是 22 和 24 ＜表一＞。流行的季節依確定病例來分析，近二十年來，每增十年，流行高峰月份即提前 1 個月， 1966 ∼ 1968 年的高峰是

8 月， 1976 ∼ 1978 年高峰為 7 月， 1986 年以後至今，流行尖峰均為 6 月開始，此與增幅動物宿主的抗日本腦炎病毒血清盛行率有關， 1980 年以後，台灣的豬的血清盛行率在 5 月份即已超過 50 ％，台灣南部往往比北部快 1 ∼ 2 個星期到達 50 ％以上，一般而言，豬的抗日本腦炎病毒血清盛行率超過 50 ％時，在 1 個月內即可上昇超過 90 ％，人的流行尖峰也就提前至 6 月開始。

確定病例年齡層近年來有持續升高的趨勢，台灣地區確定病例 1976 年以後 10 歲以下的發生率已下降， 1986 ∼ 1988 年 10 歲以下的發生率更大幅下滑， 10 ∼ 19 歲發生率居次， 20 歲以上的發生率上升，而 1995 年更以 30 ∼ 39 歲的發生率最高，可能因為近二十幾年來流行幅度減小，加上這些人可能沒有接種疫苗，所以發生率升高。

本病流行地區廣泛，遍及台灣地區，各縣市均有病例分佈，惟其發生率之長期變遷較不規則，根據 1966 ∼ 1988 年的分析，花蓮縣、台東縣、桃園縣、新竹縣市及苗栗縣的發生率較高。1989 ∼ 1991 年三年確定病例的地理分佈以大台北盆地及高屏溪流域病例最多，其次是桃竹苗經中部延伸至嘉南平原。1994 年以彰化縣和台北縣的病例數較多，1995 年則是台北市和台中縣最多。1998年高雄縣市的病例數佔全部的 41 ％， 1999 年台北縣的病例數稍多，其餘則分佈在其他縣市，只有 1 例死亡。