預防接種是防治感染性疾病最具經濟效益的方法，但仍像其他防治方法一樣，使用疫苗時或多或少都有可能產生副作用。預防接種常見的副作用包括，在注射部位之局部反應：紅、腫、熱、痛、潰爛、瘢痕等；其他部位或系統的反應：如發燒、倦怠、噁心、嘔吐、腹瀉、皮疹、搔癢、淋巴腺腫等，以及神經系統受到影響的諸多表現如：頭痛、暈眩、躁動不安、痙攣、腦病變等。一般而言，神經系統的副作用因較有可能留下後遺症，所以醫療人員和一般民眾特別重視。

疫苗和副作用之相關性

判斷疫苗接種後所發生的身體不適，究竟是否源於疫苗所導致，經常有其困難存在。我國預防接種受害救濟要點，將死亡給付標準對象分為：（ 1 ）確認係因預防接種致死，（ 2 ）無法確認係由其他原因致死者，（ 3 ）確認係其他原因致死者。美國則將疫苗和副作用之相關性分為五個等級：（ 1 ）無證據顯示相關性，（ 2 ）證據不足以接受或排除相關性，（ 3 ）證據傾向於排除相關性，（ 4 ）證據傾向於接受相關性，（ 5 ）證實有相關性。依照美國五個等級的分類，可證實與我國現行常規預防接種疫苗具相關性的嚴重副作用，包括：因疫苗株導致死亡病例的麻疹疫苗、活性小兒麻痺口服疫苗兩種，引起麻痺的活性小兒麻痺口服，引起持續哭鬧的白喉、百日咳、破傷風三合一預防針，引起過敏反應的白喉、百日咳、破傷風三合一預防針、麻疹、腮腺炎、德國麻疹三合一預防針、 B 型肝炎疫苗三種，及引起血小板過低的麻疹、腮腺炎、德國麻疹三合一預防針。美國訂有疫苗反應參考時間表，規定在施予疫苗後，若出現異常反應，應報告衛生當局的特定時間範圍。但此時間表乃是用來作為法律上賠償的根據，並不代表該異常反應就是源於疫苗的副作用。

疫苗產生神經系統副作用之機制

疫苗在神經系統副作用產生的機制乃源於﹕（ 1 ）免疫過敏反應、（ 2 ）疫苗之直接侵害、或是（ 3 ）疫苗之毒性反應。

免疫過敏反應可侵犯中樞神經和周圍神經系統，導致腦病變、腦炎、腦脊髓炎、多發性神經根神經炎（ Guillain-Barre 症候群）、臂神經叢神經病變（ brachial neuropathy ）、急性橫貫性脊髓炎（ transverse myelitis ）、顱部神經病變和視神經炎等。腦病變是指患者出現行為或意識的改變、痙攣、局部神經功能受損的狀態。若是腦脊髓液有白血球增加時則稱之腦炎。免疫過敏反應可能是疫苗導致神經系統副作用最常見的原因。疫苗雖然不同，但若經由免疫過敏反應侵犯神經系統，產生的病變則可能雷同。已有文獻顯示，可能因免疫過敏反應而出現神經系統副作用的疫苗包括：較多報告的流行性感冒疫苗、狂犬病疫苗、天花、黃熱病疫苗等、少數的德國麻疹疫苗、麻疹疫苗、日本腦炎疫苗、腮腺炎疫苗等。

活性疫苗可能由疫苗之菌株直接侵害神經系統，表現的症狀在各疫苗各有不同，發生的機率較免疫過敏反應更罕見。至於疫苗的毒性反應最常發生於百日咳疫苗。